Un an après les attentats de Paris, deux réalisateurs belges, Chergui Kharroubi, et José-Luis Peñafuerte donnent la parole aux habitants de Molenbeek, cette commune bruxelloise tant décriée par les médias du monde entier. Dans Molenbeek, génération radicale, les réalisateurs ont voulu montrer que la deuxième commune la plus pauvre de Belgique n'était pas qu'un repaire pour les aspirants djihadistes européens. Ils ont interrogé les bienfaiteurs de l'ombre, les acteurs sociaux et culturels, négligés par les pouvoirs publics, qui font des pieds et des mains pour offrir des perspectives d'avenir aux jeunes issus de cette commune.
À travers les récits de Fouad, Ben, Kamel, les spectateurs font la connaissance de jeunes issus de la génération radicale, et non radicalisée, qui ne veulent pas commettre les mêmes erreurs que leurs grands frères. Des jeunes vivant dans une commune où le taux de chômage des moins de 25 ans avoisine les 45%, des jeunes qui ont très peu d'espoir de trouver du travail puisqu'ils viennent justement de Molenbeek. Les deux réalisateurs mettent en lumière des imams qui prônent l'ouverture, qui défendent une vision différente de l'Islam. Le documentaire aborde, sous un angle bien différent que celui des médias, l'arrestation de Salah Abdeslam et les attentats de Bruxelles, qui ont eu lieu pendant le tournage...
Chergui Kharroubi et José-Luis Peñafuerte déjouent les amalgames en montrant une autre communauté musulmane, pas la communauté radicalisée dépeinte dans les médias mais bien celle qui tente d'éveiller les consciences de ses jeunes.